导致性功能障碍，如果它的体积相当大，男子在性交过程中会出现睾丸和阴囊的疼痛，以而导致继发性阳痿。从理论上说，精液囊肿可以引起焦虑并进而导致心理性阳痿。这就需要由医生进行充分的解释，以解除患者的种种畏惧。当精液囊肿体积庞大时，可以改变外生殖器的外表形象，也可以成为操作焦虑的原因之一而导致阳痿。如果囊肿体积过大并压迫睾丸的血液供应时，可以导致睾丸的萎缩和不育症。
精液囊肿的治疗并不困难。如果体积不大，是自己或体检时偶然发现的，平时毫无症状，则无需治疗，只要向患者进行详细地解说和教育，解除思想顾虑即可。如果精液囊肿造成并发症或成为病人焦虑的根源时，就应予以手术切除。过去采取的单纯抽液并注入硬化剂使囊肿缩小的措施并不可靠，常可复发或造成感染，给将来的手术带来困难，故现在多主张手术切除。由于手术很小，病人不会有很大痛苦。一个很小的阴囊切口足以移动、分离和切除囊肿，手术效果往往很好。手术时医生将仔细把囊肿与睾丸和附睾分离开，然后完整地把它切除。手术时医生会尽量仔细小心，以免压迫和破坏睾丸的血液供应或破坏附睾与输精管的连贯性。如果囊肿是开放的或术前抽吸过，液体将呈现稀薄、白色或混浊状，在显微镜下检查进可见不活动的精子。精液囊肿手术切除带来的并发症很轻微，也很少见，包括阴囊血肿，不育症（如果切除了附睾），如果睾丸的血液供应受到影响，可以出现睾丸萎缩。不再需要生育的中老年患者，可以接受小剂量Ｘ射线局部照射，既能促进囊肿萎缩，也无明显副作用。
